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我科学家组装梨矮化砧木‘中矮1号’高质量参考基因组

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  11月25日,中国农业科学院果树研究所梨资源与育种创新团队完成了梨矮化砧木品种——‘中矮1号’高质量基因组的测序与组装。该参考基因组的成功组装,不仅为今后解析梨矮化、早果等性状形成的分子机制奠定基础,也为其他性状研究和比较基因组学研究提供了详实有效的参考数据,在梨基因组学研究和分子辅助育种方面将发挥重要作用。相关研究成果在线发表在《科学数据(Scientific Data)》上。

  据姜淑苓研究员介绍,‘中矮1号’是我国自主选育的第一个梨矮化砧木新品种,其作中间砧木具有促进嫁接树矮化、早果和丰产等优点,在梨矮化密植栽培和矮化砧木育种中发挥着重要作用;同时,‘中矮1号’源于‘锦香’梨(南果梨×巴梨)实生后代,遗传背景复杂,基因组代表性广。该研究以‘中矮1号’为试材,以PacBio三代测序技术为主,Illumina二代测序技术为辅进行了全基因组测序和组装,并通过Hi-C技术将组装的contig挂载到染色体水平。该研究最终获得了一个510.59 Mb的参考基因组,contigN50为1.28 Mb,其中,506.31 Mb(99.16%)的序列被挂载到17条染色体上,已知顺序和方向的序列为427.18 Mb,占预测基因组大小的(511.33 Mb)83.5%。该基因组还成功预测了309.86 Mb (60.68%) 的重复序列和43,120个蛋白编码基因,是继该团队杜梨基因组后的另一个高质量梨参考基因组。

  该研究得到中国农科院科技创新工程和中央级公益性科研院所基本科研业务费项目资助。(通讯员 何文上)

  原文链接:https://www.nature.com/articles/s41597-019-0291-3

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